Важную роль в утверждении абсолютизма играла церковная реформа Петра. Во второй половине XVII в. позиции Русской православной церкви были весьма прочными, она сохраняла административную, финансовую и судебную автономию по отношению к царской власти. Последние патриархи Иоаким (1675-1690 гг.) и Адриан (1690-1700) гг. проводили политику, направленную на укрепление этих позиций.

Церковная политика Петра, как и его политика в других сферах государственной жизни, была направлена, прежде всего, на как можно более эффективное использование церкви для нужд государства, а если конкретнее - на выжимание из церкви денег на государственные программы, прежде всего на строительство флота (о "кумпанствах") . После путешествия Петра в составе Великого посольства его занимает еще и проблема полного подчинения церкви своей власти.

Поворот к новой политике произошел после смерти патриарха Адриана. Петр распоряжается провести ревизию для переписи имущества Патриаршего дома. Воспользовавшись информацией о выявленных злоупотреблениях, Петр отменяет выборы нового патриарха, поручая в то же самое время митрополиту Рязанскому Стефану Яворскому пост "местоблюстителя патриаршего престола". В 1701 г. образуется Монастырский приказ - светское учреждение - для управления делами церкви. Церковь начинает терять свою независимость от государства, право распоряжаться своей собственностью.

Петр, руководствуясь просветительской идеей об общественном благе, для которого необходим продуктивный труд всех членов общества, разворачивает наступление на монахов и монастыри. В 1701 г. царский указ ограничивает число монахов: за разрешением на постриг теперь нужно было обращаться в Монастырский приказ. Впоследствии у царя появилась идея использовать монастыри, как приюты для отставных солдат и нищих. В указе 1724 г. количество монахов в монастыре ставится в прямую зависимость от числа людей, за которыми они ухаживают.

Сложившиеся отношения между церковью и властью требовали нового юридического оформления.
В 1721 г. видный деятель Петровской эпохи Феофан Прокопович составляет Духовный регламент, который предусматривал уничтожение института патриаршества и образование нового органа - Духовной коллегии, которая вскоре была переименована в "Святейший правительственный Синод", официально уравненный в правах с Сенатом. Президентом стал Стефан Яворский, вице-президентами - Феодосий Яновский и Феофан Прокопович. Создание Синода явилось началом абсолютистского периода русской истории, так как теперь вся власть, в том числе и церковная, была сосредоточена в руках Петра. Современник сообщает, что когда русские церковные деятели пытались протестовать, Петр указал им на Духовный регламент и заявил: "Вот вам духовный патриарх, а если он вам не нравится, то вот вам (бросив на стол кинжал) булатный патриарх".

Принятие Духовного регламента фактически превратило русских священнослужителей в государственных чиновников, тем более что для надзора за Синодом было поставлено светское лицо - обер-прокурор.
Реформа церкви осуществлялась параллельно с податной реформой, проводились учет и классификация священников, а низшие их слои были переведены в подушный оклад. По сводным ведомостям Казанской, Нижегородской и Астраханской губерний (образованы в результате членения Казанской губернии) , от подати было освобождено только 3044 священника из 8709 (35%) . Бурную реакцию среди священников вызвало Постановление Синода от 17 мая 1722 года, в котором священнослужителям вменялось в обязанность нарушать тайну исповеди, если у них была возможность сообщить какие-либо важные для государства сведения.

В результате церковной реформы церковь потеряла огромную часть своего влияния и превратилась в часть государственного аппарата, строго контролируемую и управляемую светской властью.