Сокрушаясь и проливая обильные слёзы, он обращался к святому, как бы к живому, говоря:
- Отошел ты, преподобный отче, вся моя надежда. В ком найду я после Бога, прибежище, и где найду утешение?
И припав к одру святого и обнимая его честные мощи, он желал лучше быть погребенным вместе с учителем своим, чем разлучиться с ним.
С великим плачем и рыданием предав святое тело своего учителя погребению, Никон принял после него начальство над лаврою. Он положил с точностью выполнять всё, что учредил и заповедал великий основатель обители Сергий и, разделяя труды с братиею, как настоятель обители, имел попечение и заботливость о каждом. Преуспевающих в служении Господу он побуждал не ослаблять своих подвигов; нерадивых же и ленивых со скорбью поучал не забывать, что они отверглись мира и, заботясь о спасении своем, не должны предаваться мирским заботам, дабы не утратить вечной награды. Он имел обыкновение обходить все места обители, где трудились иноки, поощряя и увещевая с терпением переносить труд, при чем сам являлся образцом для братии, принимая участие в общих трудах. Своею кротостью, своею отеческою заботливостью о братии, мудростью в управлении и советах, Никон не только приобрел уважение и любовь братии, но слава о нем распространилась далеко за стены Сергиевой обители и имя Никона, как "освящение некое", прославлялось повсюду - по городам и весям. К нему шли многие благоговейные и именитые люди за наставлениями ради душевной пользы, и он всех принимал с отеческим благорасположением, являясь великим врачом духовным.

Но Никон, любивший больше всего безмолвие и молитву в уединении, не прельщался сею славою человеческою, и сильно тяготился ею. И вот с мыслию, что желающему творить волю Божию прежде всего нужно презирать и ненавидеть все соблазны мира, Никон стал уклоняться от начальствования над своею паствою и, наконец, заключился в уединенную келлию. Братия сильно скорбела о сем и, не желая, чтобы он покинул и оставил ее без своего руководства, со слезами просила его не оставлять их, как овец без пастыря. Но он оставался непреклонным в своем решении, прося братию не сокрушать его сердца своими мольбами. Видя столь непреклонное желание Никона, братия не стала удерживать его, зная, что он уклоняется от бремени начальствования не ради телесного покоя, но стремясь к высшим подвигам и богомысленному безмолвию. Не имея возможности оставаться без начальника, братия избрала одного из учеников Никона, по имени Савву, - мужа, сиявшего добродетельною жизнью - и, с благословения Никона, поставила его игуменом над собою.
Шесть лет пребывал в безмолвии Никон, пока паствою управлял Савва, пася ее с усердием и вспомоществуемый молитвами блаженного Сергия. Но, по истечении шести лет и Савва оставил начальствование. Тогда братия, как бы дав преподобному Никону отдохнуть от дел управления и насладиться вожделенным ему безмолвием, опять пришла к нему и со слезами умоляла и убеждала его снова принять ее под свое руководство. Видя, что Никон и теперь намерен уклониться от начальствования и власти, братия говорила ему:
- Не подобает тебе, отче, искать пользы себе одному, попекись и о спасении ближних.
Эта неотступная просьба иноков и любовь их заставили Никона расстаться с любимым уединением, и он уступил желаниям братии, но с тем условием, чтобы они уступили ему из каждого дня некоторую часть для уединенных подвигов и молитвы.
Тихо и богоугодно текла жизнь в святой обители. Никон же неустанно пребывал в молитвенном бдении, поучаясь в слове Божием и отеческих творениях.

Разрушение Сергиевской лавры и строительство храма во имя Живоначальные Троицы

Но вот распространился слух о нашествии на землю Русскую диких полчищ свирепого Эдигея. Приближение татарских орд приводило в ужас и трепет всю землю Русскую. Преподобный Никон, горячо молясь об избавлении от злого врага, призывал в молитвах великого основателя сей обители - преподобного Сергия, чтобы он простер свою молитву пред престолом Владыки всех Христа, да не предаст Он запустению святой обители от руки нечестивых агарян и да не поколеблет веру немощных торжество неверных. И вот, однажды ночью Никон сел, чтобы отдохнуть после молитвенных трудов и был в полудремоте или тонком сне. Вдруг видит он вошедших к нему в келлию святителей Петра и Алексия, в сопровождении преподобного Сергия, который, обратившись к нему, сказал:
- Так угодно Господу, чтобы случилось сие нашествие иноплеменников и коснулось сего места. Но ты, чадо, не скорби, а мужайся и да крепится сердце твое: искушение будет непродолжительно и обитель не запустеет, а распространится еще более.
Затем, преподав Никону мир и благословение, святые стали невидимы. Никон, пришел в себя, быстро встал и подошел к дверям своей келлии, но нашел их запертыми. Он отпер и вышел и увидел святых, удалявшихся от его келлии к церкви. Тогда понял он, что сие было не сон, а истинное видение.

О покорность воле Божией Никон ожидал исполнения предсказания. Вскоре варвары, наводнившие своими полчищами землю Русскую, достигли и обители преподобного Сергия и предали всё в ней разорению и огню. Преподобный Никон и братия, предваренные небесным извещением, заблаговременно удалились из обители и захватили с собой некоторые святыни и келейные вещи. Так спасены были некоторые книги и утварь преподобного Сергия, доселе уцелевшие.
По миновании опасности, Никон и братия возвратились на пепелище святой обители. Монастырь был сожжен дотла и святое место осквернено неверными. Но Никон не предался печали и унынию и не ослабел от подвига. Подобно тому, как доблестный воин при первом поражении от врага не бежит, но мужественно собирает силы и одерживаете победу, так и он начал со спокойною твердостью трудиться над устроением обители. Как добрый пастырь, он собрал сперва рассеявшуюся братию и трудился с ней над монастырскими постройками. Менее чем в три года построены были здания, необходимые для иноческого общежития; для молитв же общих первоначально собирались, вероятно, в трапезную храмину. В то же время Никон поспешает постройкою деревянного храма, во имя Живоначальные Троицы, который и был освящен в 1411 году 25-го сентября, в день преставления преподобного Сергия.

Когда слух о возвращении преподобного Никона и о восстановлении обители распространился по окрестным местам, к нему отовсюду стали собираться во множестве иноки и миряне. Никон всех принимал с отеческим расположением, и, как добрый пастырь, никого не оставлял без своего попечения, наставляя каждого в полезных учениях, просвещая их душу и предлагая им правила для устроения своего жития. Монастырь возрождался на своем пепелище и распространялся более и более.
Как попечительный начальник, преподобный Никон не оставлял своих забот и о благоукрашении обители. Заключительным подвигом его в этом отношении было построение каменного храма над гробом своего учителя Сергия во имя Живоначальные Троицы.
При самом начале работ, при копании рвов для каменного храма, совершилось обретение и прославление нетленных мощей преподобного Сергия. Сие открытие мощей великого учителя Никон принял, как радостный венец и сладостную награду за свои труды и терпение. При общем ликовании святые мощи преподобного были положены в новую раку и на время были поставлены в деревянном храме, пока не было приготовлено им место в каменном храме. Как место покоя для мощей великого Сергия, новый храм устроялся и украшался с благоговейною любовью и с усердными молитвами. Для созидания сего храма Никон собрал мудрых зодчих и искусных каменотесов, которые с Божиею помощью быстро окончили его построение.

Новый храм был освящен и при его освящении были перенесены и помещены в нем святые мощи преподобного Сергия. Как дело святых и покоище Сергия, не потрясаемый веками, сей прекрасный храм освящает и ныне молящихся в нем, и руки нечестивых врагов не прикасались к нему.
Никон заботился и о внутреннею, украшении храма и расписании стен его живописью. Для сего труда им были приглашены два инока-постника, славившиеся добродетельною жизнью: Даниил и Андрей, искусные в иконописании. Их тщанием и под их руководством храм был благолепно украшен иконописью. Когда Никон увидел, что украшение храма расписанием окончено, то с великою радостью возблагодарил Бога:
- Благодарю Тебя Господи, - говорил он, - и славлю пресвятое имя Твое за то, что не презрел мое прошение, но даровал мне недостойному видеть всё сие моими очами.
В сие время Никон уже достиг глубокой старости, но ревность и бодрость духа не оставляли его, и немощь телесная не ослабляла строгости его подвигов. Достигнув совершенства в подвигах, он обладал всеми видами того богатства, которым человек богатеет в Бога. Он как бы горел удивительным стремлением к жизни по Боге: пищею для него было воздержание, богатством - нестяжательность; его старческое тело было прикрыто одним только власяным рубищем.

Старость и кончина преподобного Никона Радонежского

Наконец, преподобный Никон уже приблизился и ко своей кончине. Отчасти старость, а также великие постнические подвиги и продолжительные многие болезни изнурили его тело и оно изнемогло в своих силах.
Предузнав близость своего отшествия ко Господу, Никон велел призвать к себе братию. В то время, как она окружала его одр, стоя со слезами, преподобный, приподнявшись немного, обратился к ним с последним словом назидания.
Он завещал соблюдать установленный в обители чин молитвы дневной и ночной, не часто выходить из обители, хранить терпение в искушениях, соблюдать повиновение начальствующим в обители, ненавидеть праздность - гнездо пороков, любить трудолюбие, соединяя его с пением священных псалмов, с радостью хранить безмолвие, как матерь добродетелей, ведущую к совершенству. Присоединив к сему наставление о человеколюбии, он завещал братии:
"Если возможно, не отпускайте никого от себя с пустыми руками, дабы незаметно не оказать презрения Самому Христу, явившемуся вам под образом просящего. Бодрствуйте и непрестанно молитесь, дабы Господь и вас сохранил невредимыми от врага, и вы соблюли бы обет целомудрия и послушания, согласно с моими увещаниями.

Окончив свои наставления к братии - хранить все завещанные им правила, Никон умолк. И вот в видении, еще до разлучения души с телом, ему было показано место будущего упокоения вместе с преподобным Сергиям. Ясно не открывая о том братии, по своему смирению, Никон в предсмертном изнеможении неожиданно сказал:
- Отнесите меня в ту светлую храмину, которая мне уготована по молитвам отца моего; не хочу более здесь оставаться.
Сказав сие, Никон приобщился Пречистых Таин Тела и Крови Христовых. После сего, предупреждая братию о приблизившейся кончине своей, он произнес:
- Вот я, братия, разрешаюсь от союза телесного и отхожу ко Христу.
Преподав им последнее благословение, со словами, обращенными к самому себе - изыди, душе моя, туда, где тебе уготовано, - гряди с радостью: Христос призывает тебя", - Никон, осенив себя напоследок крестным знамением, с молитвою предал свою честную и трудолюбную душу Господу. Это было 17 ноября 1428 года.
Никон пробыл в настоятельстве 36 лет, не нарушая ни в чем подвига иноческого, богоугодно пася врученную ему Христом паству, и научив ее высшим подвигам добродетели. Братия много сетовала, проливая слёзы о разлучении со своим отцом и учителем. Проводив его с пением псалмов и надгробными песнопениями, братия с почестями, как подобает чтимому отцу, предала его честное тело земле, положив его близ раки преподобного Сергия, где и до ныне совершаются им молебные пения во славу Святой Троицы - Отца и Сына и Святого Духа.
"Житие святых" Дмитрий Ростовский

- Помоги мне, преподобный Сергий, избавь меня от сей болезни; еще при жизни твоей ты был так милостив к моим родителям и предрек им мое рождение; не забудь меня, страждущего в столь тяжкой болезни.

Вот и еще случай из недавних времен (1846 г.). В монастырской больнице жестоко страдал от нервной горячки рясофорный послушник Гавриил; несколько дней он был без памяти, и думали, что не перенесет болезни. В ночь на память преподобного Никона, видит он, что душа его как бы разлучается от тела, и устремляется в какую-то бездну. Мысленно стал он молить преподобных Сергия и Никона о возвращены к жизни, чтобы покаянием приготовиться к вечности. (А лежал он всё время, как видели другие, без памяти и движения). Вдруг видит, как бы двери отворились; входят два светоносные мужа, старцы, один с жезлом, - в сем он признал преподобного Сергия, а в другом - преподобного Никона. Преподобный Сергий, указывая жезлом преподобному Никону на болящего, говорит: "помоги"! Преподобный Никон подошел, и самым приближением наполнил больного силою и радостью. Больной приподнялся, перекрестился, а преподобные стали невидимы. Гавриил пришел в память; болезнь миновалась, осталась только слабость.
"Житие святых" Дмитрий Ростовский

В состав Собора Радонежских святых, возглавляемого преподобным Сергием, вошли его сродники, ученики и собеседники, а также святые иноки Троице-Сергиевой обители. В общей сложности к началу XXI века в Соборе вспоминаются более семидесяти пяти угодников Божиих.